Луиџи Рикиарди 1 , Роза Мазео 2,*©, Анџело Раffаеле Маркотриџано 1 , Гуљелмо Рајналди 3 , Паоло Јовиено 4 , Вито Зоно 1 , Стефано Паван 1© и Кончета Лоти 2,*
- 1 Оддел за почва, растенија и науки за храна, Одделение за генетика и одгледување на растенијата Универзитет во Бари, Виа Амендола 165/А, 70125 Бари, Италија; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (АРМ); vito.zonno@uniba.it (ВЗ); stefano.pavan@uniba.it (СП)
- 2 Оддел за науки за земјоделство, храна и животна средина, Универзитетот во Фоџа, Виа Наполи 25, 71122 Фоџа, Италија
- 3 Оддел за бионауки, биотехнологии и биофармацевтски производи, Универзитетот во Бари, Виа Орабона 4, 70125 Бари, Италија; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Оддел за енергетски технологии, Оддел за биоенергија, биорафинерија и зелена хемија, Истражувачки центар ENEA Трисаја, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Италија; paolo.iovieno@enea.it
* Усогласување: rosa.mazzeo@unifg.it (РМ); concetta.lotti@unifg.it (КЛ)
Апстракт:
Кромид (Алиум цепа L.) е втората најважна градинарска култура во светот и е широко ценета поради нејзините здравствени придобивки. И покрај неговата значајна економска важност и неговата вредност како функционална храна, кромидот е слабо истражен во однос на неговата генетска разновидност. Овде, ја испитавме генетската варијација на „црвениот кромид Acquaviva“ (ARO), земја со вековна историја на одгледување во мал град во провинцијата Бари (Апулија, јужна Италија). Збир од 11 микросателитски маркери беа користени за да се истражат генетските варијации во колекцијата на герматичка плазма која се состои од 13 популации ARO и три вообичаени комерцијални типови. Анализите на генетската структура со параметарски и непараметриски методи истакнаа дека ARO претставува добро дефиниран генски базен, јасно различен од родните раси Tropea и Montoro со кои често се греши. Со цел да се обезбеди опис на светилките, кои вообичаено се користат за свежа потрошувачка, беше оценета содржината на растворливите цврсти материи и лутоста, покажувајќи поголема сладост во ARO во однос на двете горенаведени локални сорти. Генерално, оваа студија е корисна за идната валоризација на АРО, која би можела да се промовира преку етикети за квалитет кои би можеле да придонесат за ограничување на комерцијалните измами и подобрување на приходот на малите стопанственици.
Вовед
Родот Allium вклучува околу 750 видови [1], меѓу кои кромидот (Allium cepa L., 2n = 2x =16) е еден од најраспространетите. A. cepa има двогодишен циклус и повлекување на репродуктивното однесување. Во денешно време, глобалното производство на кромид (97.9 Mt) го прави втор најважен зеленчук по доматот [2]. Од дамнешни времиња, луковиците од кромид се користат и како храна и во народни лекови. Навистина, старите Египќани веќе пријавиле неколку терапевтски формули засновани на употребата на лук и кромид во медицинскиот папирус од 1550 година п.н.е., Codex Ebers [3].
Овој разновиден и здрав зеленчук се консумира суров, свеж или како преработен производ и се користи за подобрување на вкусот на многу јадења. Неколку неодамнешни студии тврдат дека консумирањето кромид може да го намали ризикот од кардиоваскуларни заболувања [4,5], дебелина [6], дијабетес [7] и различни форми на рак [8-10]. Здравствените својства на кромидот често се припишуваат на високите нивоа на две класи на нутрацевтски соединенија: флавоноиди и алк(ен)ил цистеин сулфоксиди (ACSOs). Првата класа вклучува флавоноли и антоцијани. Кверцетинот е главниот забележлив флавонол, познат по своите силни антиоксидантни и антиинфламаторни својства во чистењето на слободните радикали и врзувањето на јоните на преодниот метал. [11]; додека антоцијаните им даваат црвена/виолетова боја на некои сорти на кромид. Што се однесува до ACSOs, најзастапен е изоалиин [(+)-trans-S-1-пропенил-L-цистеин сулфоксид] [12], неиспарлива и непротеиногена сулфурна амино киселина складирана во клетките, која е индиректно одговорна за острата арома и вкус на кромидот [13]. При нарушување на ткивото, изоалиинот се расцепува од ензимот алииназа за да произведе низа испарливи соединенија (пируват, амонијак, тиосулфонати и пропанетиален S-оксид) кои предизвикуваат кинење и предизвикуваат непријатен мирис (лутост) [14]. Острината на кромидот често се мери како количина, по грам свежа тежина, на пирувична киселина генерирана со хидролиза [15, 16].
Во земјите од медитеранскиот басен, предложен како еден од секундарните центри за различност на A. cepa [17, 18], сијалиците со кромид покажуваат широка варијабилност во обликот, големината, бојата, сувата материја и лутоста [19-22]. Згора на тоа, ѓубрењето базирано на сулфур, агрономските практики, типот на почва, климатските услови и генотипот на сортите или домашните раси може да влијаат на квалитетот на сијалицата со доделување на посебни органолептички и нутритивни вредности [23-27]. Во Италија, и покрај широката достапност на гермплазмата на кромидот, само неколку сорти кромид честопати се предмет на научни студии и соодветно се карактеризираат [28, 29].
Темелно генетско и фенотипско карактеризирање на агро-биодиверзитетот е од клучно значење за да се обезбеди соодветно зачувување на растителните генетски ресурси и да се промовира употребата на специфични генотипови во синџирот на вредност [30-32]. Често се избираат маркери за повторување на секвенца (SSR) за мапирање [33-35], ДНК отпечатоци и дискриминација на сорти [36-38], и сигурна проценка на генетската варијабилност во и меѓу домашните раси [39-42], бидејќи тие се специфични за локус, мулти-алелни, кодоминантно наследни, високо репродуктивни и погодни за автоматизирано генотипирање.
Во оваа студија, го фокусиравме нашето внимание на традиционалната пулија, „црвениот кромид Аквавива“ (ARO), кој се одгледува според методите на органско земјоделство во мала област во градот Acquaviva delle Fonti, во провинцијата Бари. (Апулија, Јужна Италија). Сијалиците на оваа земја се големи и срамнети со земја и црвени обоени и во голема мера се користат во локални рецепти. Иако ARO ја доби ознаката за квалитет „Slow Food Presidium“, неговото производство може дополнително да се промовира и заштити со ознаки за квалитет на Европската унија како што се заштитена географска ознака (PGI) и заштитена ознака на потекло (POD), бидејќи тие може да придонесат за ограничување на комерцијални измами и подобрување на приходите на малите стопанственици. Овде, молекуларните маркери на SSR беа користени како моќни алатки за да се процени генетската варијација меѓу популациите на ARO и да се разликува оваа земја од другите две јужноиталијански црвен кромид. Понатаму, ја проценивме лутоста и растворливата цврста содржина со цел да го оцениме вкусот на ARO во однос на побарувачката на пазарот.
Резултати
Воспоставување на Acquaviva Red Onion Germplasm Collection и морфолошка карактеризација
Семиња од 13 популации од родното потекло ARO, донирани од фармери во рамките на проектот BiodiverSO Apulia Region, беа искористени за да се воспостави колекција на гермплазма ARO.
Морфолошки дескриптори, поврзани со сијалицата, кожата и месото беа собрани на гермплазмата ARO и на три локални сорти на кромид, од кои две припаѓаат на домашната раса „Тропеа црвен кромид“ (TRO) и една на земјата „Монторо бакарен кромид“ (МЦО) (Слика 1). Сите ARO светилки беа рамни и се карактеризираа со црвена надворешна кожа и месо со различни нијанси на црвено. Спротивно на тоа, месото на TRO светилките беше целосно црвено, додека месото на светилките MCO беше слабо пигментирано (Табела S1). Биохемиската анализа овозможи да се процени содржината на цврста растворлива и лутоста. Како што е соопштено во Табела 1, просечните вредности на содржината на цврсти растворливи светилки во популациите на ARO беа 7.60 и се движеа од 6.00 (ARO12) до 9.50 ° Brix (ARO11 и ARO13). Оваа вредност беше повисока од онаа што беше проценета за земјиштето TRO и MCO (4.25 и 6.00° Brix, соодветно).
Табела 1. Цврсти растворливи содржини и вредности на луто оценети во популациите „Acquaviva Red Onion“ (ARO), „Tropea Red Onion“ (TRO) и „Montoro Copper Onion“ (MCO) *.
ЗАКОНИК | Растворлива цврста содржина (Брикс) | лутост (pкалап-1 FW) | ||
Значи | CV y (%) | Значи | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 на | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28 аб | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 на | 3.74 |
АРО 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 на | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 аб | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 аб | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 на | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 на | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 аб | 6.57 |
ARO11 | На 9.50 | 7.44 | 5.54 аб | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 аб | 9.70 |
ARO13 | На 9.50 | 7.44 | 6.63 на | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 аб | 2.66 |
ТРО1 | 4.25 Е | 8.31 | 2.80 б | 2.10 |
ТРО2 | 4.25 Е | 8.31 | 4.28 аб | 4.79 |
* Средствата со исти букви со големи или мали букви не се статистички различни на 0.01P или 0.05P, соодветно (SNK's Test). y Коефициент на варијација.
Просечната вредност на ARO лутоста, проценета преку содржината на пирувична киселина, беше 6.00, се движеше од 4.51 pmol g-1 FW (ARO6) до 7.04 (ARO8). Оваа вредност беше повисока од онаа што се проценува кај TRO и MCO копнените сорти (3.54 pmol g-1 FW и 4.18 pmol g-1 FW, соодветно).
Полиморфизам на РБС и генетски врски меѓу пристапите
Во оваа студија, 11 од 37 тестирани комбинации на SSR прајмери обезбедија полиморфизми со еден локус, т.е., давајќи најмногу два производи за засилување во една индивидуа. Севкупно, 55 алели беа откриени кај 320 индивидуи со број на алели по локус кој се движи од 2 (ACM147 и ACM 504) до 11 (ACM132) и средна вредност од 5 алели (Табела 2). Во одделни популации, бројот на алели (Na) се движеше од 1.94 (ACM147 и ACM504) до 5.38 (ACM132), додека ефективниот број на алели (Ne) се движеше од 1.41 (ACM152) до 2.82 (ACM449). Несогласувања помеѓу вредностите на Na и Ne се должи на присуството на алели со мала фреквенција во популациите и доминација на само неколку алели. Највисоката забележана вредност на хетерозиготност (Ho) беше истакната за ACM138 и ACM449 (0.62), додека најниската беше поврзана со ACM152 (0.25). Очекуваната хетерозиготност (He), што одговара на теоретските очекувања кај панмиктичката популација, се движеше од 0.37 (ACM504) до 0.61 (ACM132, ACM138 и ACM449). Рајтовиот индекс на фиксација (Fis), прикажа вредности блиску до нула (просек 0.05) за сите маркери, што укажува на слични вредности помеѓу набљудуваните и очекуваните нивоа на хетерозиготност, како што се очекуваше за вкрстен вид. Ефикасноста на поединечниот SSR маркер во генетското отпечаток од прсти беше проценета со индексот на полиморфна информациска содржина (PIC), со средна вредност од 0.48 и се движеше од 0.33 (ACM504) до 0.67 (ACM132). Друг индекс на ефикасност, Шеноновиот Информативен Индекс (I) прикажа средна вредност од 0.84, а претпоставените вредности се движеа од 0.45 (ACM152) до 1.20 (ACM132).
Табела 2. Карактеристики на полиморфизам на 11-те SSR маркери кои се користат за проценка на генетската разновидност кај популациите на ARO, TRO и MCO. Вкупен број на алели (Na), опсег на големина на лента и индекс на полиморфна информациска содржина (PIC) Видете го вкупниот сет од 320 поединци генотипизирани во оваа студија. Број на алели (Na), број на ефективни алели (Ne), набљудувана хетерозиготност (Ho), очекувана хетерозиготност (He), индекс на фиксација (Fis), и Индексот на информации на Шенон (I) се однесуваат на средните вредности пресметани од 16 популации, секоја составена од 20 поединци.
Локус. | Вкупно Na | Опсег на големини (bp) | ССМ | Значи | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Значи | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Меѓу популациите, ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 и MCO покажаа високо ниво на генетска варијација (Ho > 0.5), додека најниска разновидност беше забележана кај популацијата ARO7 (Ho = 0.27) (Дополнителна табела S2). Севкупно, сите пристапувања покажаа Fis вредности блиску до нула (Fis средна вредност = 0.054), како што се очекуваше при случајни услови за парење.
Анализа на молекуларна варијанса и генетска структура
Хиерархиската поделба на генетските варијации меѓу и во рамките на популациите беше пресметана со AMOVA. Резултатите истакнаа значителен дел од генетските варијации во популациите (87%). Варијацијата меѓу популациите, 13%, беше многу значајна (P < 0.001) (Табела 3). Парични вредности на параметарот Fpt, аналоген на индексот на фиксација на Рајт Fst, кои се движат од 0.002 (ARO2/ARO10) до 0.468 (ARO7/TRO2), беа значајни (P < 0.05), освен девет споредби по парови (Дополнителна табела S3).
Табела 3. Анализа на молекуларна варијанса на 320 генотипови од 16 популации на Алиум цепа L.
извор | df | Збир на плоштади | Проценка на варијанса | Варијанса (%) | Fpt | P |
Меѓу популациите | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Во рамките на популациите | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Вкупно | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Истражување на генетската структура во A. cepa колекцијата генотипизирана во оваа студија беше изведена со помош на анализа на кластерирање базирана на модел на примеси имплементирана во софтверот СТРУКТУРА. Методот Evanno AK предложи поделба во два кластери (K = 2) како најинформативна за нашата база на податоци,со тиe следната највисок пеак кај К = 5 (дополнителен Ргуре S1). А за К = 2, aКСopулации wере газigned до оnиf двете кластери со rnernbertoip коефициент (q) > 0.7. Како што сhoво Слика 2a, првиот кластер (именуван S1) ги вклучуваше MCO и сите ARO популации, додека кластерот S2 ги групира двете TRO популации. На K = 5, обезбедувајќи подлабок опис на сетот на податоци (слика 2b), 75% од пристапувањата беа доделени на еден од петте кластери. Потврдено е раздвојување помеѓу ARO (S1) и TRO (S2), иако некои ARO популации беа измешани (q <0.7) или групирани одделно во двата нови кластери S3 и S4 (ARO7 и ARO12, соодветно). Интересно, комерцијалниот тип MCO формираше посебен кластер (S5) одвоен од апулискиот црвен кромид.
Генетски односи меѓу популациите
SSR полиморфизмот дозволи да се нацрта дендрограм на генетска разновидност и резултатите од филогенетската анализа се прикажани на Слика 3a. Овде, колекцијата на гермплазма беше поделена во пет групи силно поддржани од вредностите на bootstrap. Популациите ARO7 и ARO12 беа веднаш одвоени од преостанатите популации и формираа две различни кластери. Третиот кластер ги вклучуваше двете комерцијални популации на TRO, додека четвртиот јазол го подели MCO од единаесет ARO популации. Генетската врска што се јавува меѓу популациите беше дополнително испитана со помош на анализа на главни координати (PCoA) (слика 3b). Како што беше претходно истакнато, популациите на ARO беа цврсто групирани, освен за ARO12 и ARO7, кои се појавија во изолирани позиции во парцелата PcoA. Двата TRO и популациите на MCO беа расфрлани во долниот десен панел на парцелата.
Слика 3. Генетска разновидност меѓу 16 A. cepa популации кои се карактеризираат во оваа студија, врз основа на нивниот РБС профил. (a) UPGMA дендрограм на генетско растојание. Вредностите за поддршка на Bootstrap >50 се означени над соодветните јазли; (b) анализа на главната компонента (PCoA). Клустерот заокружен во црвено целосно се совпаѓа со групата генерирана со филогенетска анализа и составена од 11 АРО пристапи.
Дискусија
Во рамките на големата количина на агро-биодиверзитет што традиционално се одгледува во Јужна Италија, копнените сорти на кромид претставуваат ниски производи кои треба да се зачуваат од ризикот од генетска ерозија и заканата од замена со модерни сорти. Во рамките на регионалниот проект BiodiverSO, чија цел е собирање, карактеризирање, промовирање и заштита на генетските ресурси на регионот Апулија цврсто поврзани со локалното наследство, воспоставивме колекција на семиња од 13 популации од родното потекло АРО. Ја пријавивме првата проценка на варијацијата на ARO во однос на полиморфизмите на ДНК и два биохемиски параметри, содржина на растворлива цврста и пирувична киселина, поврзани со карактеристиките на вкусот и важно за прифаќање на свежите неварени производи. Дополнително, податоците за АРО-земјиштето беа споредени со оние собрани на две други пигментирани сорти на кромид со кои често се погреши.
Биохемиските анализи ја истакнаа сладоста на 13-те популации на ARO, поврзана со висока растворлива содржина и средна лутост, според упатствата за индустријата за сладок кромид [31]. Сијалиците ARO беа послатки од оние на светлечките TRO и MCO и покажаа малку поголема лутост. Сепак, слаткоста во кромидот се должи на рамнотежата помеѓу содржината на шеќер и лутоста, затоа оваа карактеристика може да биде корисна за да се поддржи изборот на вредни генотипови, што обично го вршат земјоделците само врз основа на морфологијата.
SSR маркерите беа потврдени дека се корисна алатка за дискриминација на генотиповите, иако собрани во тесно растечко подрачје како што е градот Acquaviva delle Fonti. Избраните маркери покажаа поголем број на алели од маркерите претходно пријавени [43] [44], но пониски од маркерите пријавени од [45]. Покрај тоа, 50% од нашиот сет на маркери покажаа вредности на PIC индекс поголеми од 0.5, што се покажа како погодно за дискриминација на популациите во колекцијата, како што е предложено од [46]. Проценката на различноста во популациите откри слични вредности помеѓу Ho и He, што резултира со низок Fis вредности. Ова е во согласност со надворешноста на природата на A. cepa, која сериозно страда од вродена депресија [47]. Целокупната Fis вредноста пресметана во популациите на кромид разгледани во оваа студија (0.054) беше помала од онаа што претходно беше пријавена од [45] (0.22) и речиси идентична со онаа што ја пронајде [31] (0.08) и [48] (0.00) кои ја процениле генетската разновидност кај копнените сорти на кромид од северозападна Шпанија и Нигер, соодветно. Значајните нивоа на хетерозиготност кај популациите на АРО ја зајакнуваат идејата дека Апулија претставува центар за разновидност за многу градинарски видови [32, 42, 49-51].
AMOVA истакна дека повеќето молекуларни варијации во збирката генотипизирана во оваа студија лежи во популациите. Сепак, значајна генетска диференцијација меѓу популациите (ФPT вредности) откри појава на генетска стратификација. Всушност, иако нашите резултати покажаа присуство на генетска униформност кај повеќето популации на ARO, формирајќи добро дефиниран кластер, популациите ARO7 и ARO12 покажаа јасно различен генетски профил. Овој резултат може да се должи на различното потекло на семињата што ги користеле двајцата фармери од кои се собирале популациите. Згора на тоа, врз основа на добиените резултати, родното потекло на АРО може да се смета за јасно различно на генетско ниво од родното потекло TRO и MCO. Во една неодамнешна студија, [29] ја процени генетската разновидност на неколку италијански локални сорти на кромид, вклучувајќи ги „Аквавива“, „Тропеа“ и „Монторо“. Иако авторите користеа SNP маркери за да ја проценат генетската разновидност на пошироката колекција на кромид, генотипизацијата не беше во можност да ги разликува „Acquaviva“ од „Tropea“ и „Montoro“ кромид. Веројатно, ова несовпаѓање се должи на пронајдената ниска средна вредност на PIC (0.292), што укажува на скромна општа информативност на локусите што се анализираат како што тврди [29]. Понатаму, за да се истражи присуството на подструктура во нивниот италијански кластер, ќе беше подобро да се анализираат италијанските генотипови одделно од останатиот дел од колекцијата. Веројатно тоа би овозможило да се визуелизира шема на генетска разновидност поврзана со географска стратификација или особини под емпириска селекција.
Како заклучок, тековната студија претставува сеопфатен извештај за локалитетот на кромид поврзан со локалното културно наследство и од економско значење за земјоделците. Нашите резултати нагласуваат дека, со неколку исклучоци, ARO се карактеризира со добро дефиниран генски базен, кој заслужува да се зачува од ризикот од генетска ерозија. Затоа, формирањето на репрезентативна колекција на овој вреден извор на генетска разновидност беше од клучно значење. Конечно, генетската и фенотипската карактеристика на ARO може да биде корисна за да се добијат ознаки за квалитет од Европската унија.
Материјали и методи
Колекција на гермплазма, растителен материјал и екстракција на ДНК
Збир од 13 популации од родното потекло АРО беа стекнати во рамките на проектот за регионот Апулија (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), преку серија мисии извршени во „Acquaviva delle Fonti“, мал град во Апулија во провинцијата Бари, Италија. Местата на собирање на секое пристапување беа мапирани преку Географскиот информациски систем (ГИС) и пријавени во Табела 4. Дополнително, во оваа студија беа вклучени две популации од земјата ТРО и една популација од копното на МЦО и беа користени како референци. Целиот растителен материјал беше одгледуван во исти еколошки услови во експерименталната фарма „П Мартучи“ на Универзитетот во Бари (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), под заштитен кафез за да се избегне вкрстено опрашување меѓу популации и обезбедување опрашување во популацијата со помош на муви (Луцилија Цезар). 16-те популации беа карактеризирани за особини поврзани со големината и обликот на сијалицата и бојата на кожата и месото (Табела S1). Дополнително, беше извршена анализа на содржината на цврста растворлива содржина со помош на рачен рефрактометар и лутоста беше измерена во примероците на сок од кромид со додавање на 2,4-динитрофенил хидразин (0.125% v/v во 2N на HCl) и евалуација на апсорпција на 420 nm, како што е соопштено од [31]. Данкановиот тест со повеќе досег и тестот SNK беа спроведени за да се утврди присуството на значајни разлики.
Табела 4. Список на популации собрани и генотипизирани во оваа студија. За секоја популација, се пријавуваат код за идентификација, локално име, GPS координати и генска банка што ги зачувува семињата.
Код | Име | GPS координати | Банка за гени y |
ARO1 | Ципола роса ди Аквавива | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Ди.ССПА |
ARO2 | Ципола роса ди Аквавива | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Ди.ССПА |
ARO3 | Ципола роса ди Аквавива | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Ди.ССПА |
ARO4 | Ципола роса ди Аквавива | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Ди.ССПА |
ARO5 | Ципола роса ди Аквавива | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Ди.ССПА |
ARO6 | Ципола роса ди Аквавива | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Ди.ССПА |
ARO7 | Ципола роса ди Аквавива | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Ди.ССПА |
ARO8 | Ципола роса ди Аквавива | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Ди.ССПА |
ARO9 | Ципола роса ди Аквавива | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504" E | Ди.ССПА |
ARO10 | Ципола роса ди Аквавива | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Ди.ССПА |
ARO11 | Ципола роса ди Аквавива | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575" E | Ди.ССПА |
ARO12 | Ципола роса ди Аквавива | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Ди.ССПА |
ARO13 | Ципола роса ди Аквавива | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Ди.ССПА |
ТРО1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Ди.ССПА |
ТРО2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Ди.ССПА |
MCO | Ципола рамата ди Монторо | - | Ди.ССПА |
y Di.SSPA, Катедра за науки за почвата, растенијата и храната, Универзитетот во Бари. |
Материјалот од лист од 20 генотипови по популација беше земен во мостри и се чуваше на -80 °C до употреба. За видовите богати со полисахариди, како A. cepa, првите чекори за отстранување на полисахаридот се од суштинско значење за да се добие квалитетна ДНК, затоа иницијалните миења во STE пуфер (0.25 M сахароза, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) беа извршени како што е опишано од [52]. Вкупната ДНК беше извлечена по методот CTAB [53] и конечно беше проверен за квалитет и концентрација со Nano Drop 2000 UV-vis спектрофотометар (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) и електрофореза со гел од агароза 0.8%.
SSR анализа
16 EST-SSR прајмери комбинации развиени од [54] и претходно тестиран во студии за генетска разновидност од [43] [44] и 21 геномски РБС [45-55] беа скринирани за да се оцени нивната соодветност (Дополнителна табела S4). Генотипизацијата беше изведена со користење на методот на економско обележување со флуоресцентни ознаки во кој опашката M13 се додава на секој напред SSR прајмер [56]. ПЦР мешавините беа подготвени во 20 gL реакција која содржи: 50 ng вкупна ДНК, 0.2 мМ мешавина од dNTP, 1X пуфер за реакција на PCR, 0.8 U од DreamTaq ДНК полимераза (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM обратен прајмер , 0.032 gM напреден прајмер проширен со M13 секвенцата (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3') и 0.08 gM универзален прајмер M13 означен со FAM или NED флуоресцентни бои (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). Реакциите на PCR беа спроведени во термоциклерот SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, САД) со следните услови за повеќето парови на прајмери: 94 °C за 5 мин, 40 циклуси на 94 °C за 30 секунди, 58 °C за 45 s и 72 °C за 45 s и конечно издолжување на 72 °C за 5 мин. Што се однесува до ACM446 и ACM449, беше применет тачдаун PCR со жарење од 60 °C до 55 °C во текот на 10 циклуси, 30 циклуси на 55 °C, проследено со конечно продолжување од 5 минути на 72 °C. Производите на PCR беа ставени во плоча со 96 бунари и се измешаа со 14 gL Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) и 0.5 gL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Ампликоните беа решени со помош на машината за секвенционирање на капилари ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA), каде што алелите беа оценети како ко-доминантни и доделени со користење на софтверот GeneMapper верзија 3.7.
Софтверите GenAlEx 6.5 [57] и Cervus 3.0.7 [58] беа користени за да се процени бројот на алели (Na), бројот на ефективни алели (Ne), набљудуваната хетерозиготност (Ho), очекуваната хетерозиготност (He), полиморфната содржина на информации (PIC), Шеноновиот индекс на информации (I) и индексот на фиксација (Fis ) за секој локус SSR.
Проценка на генетската разновидност
Хиерархиската поделба на генетските варијации меѓу и во рамките на популациите на кромидот беше оценета со GenAlEx 6.5 [57] преку анализа на молекуларна варијанса (AMOVA) со 999 bootstrapping за тестирање за значајност. Покрај тоа, софтверот GenAlEx 6.5 беше користен за да се процени различноста во секоја популација со пресметување на просекот на Ho, He и Fis на сите локуси на SSR.
Структурата на популацијата беше заклучена со алгоритам за кластерирање базиран на Баезијан модел имплементиран во софтверот STRUCTURE v.2.3.4 [59]. Збирот на податоци беше извршен со голем број хипотетички кластери (К), кои се движат од 1 до 10, поставувајќи десет независни вртења по секоја вредност на К. За секое тестирање, со цел да се потврди конзистентноста на резултатите, беа извршени 100,000 почетни периоди на согорување и 100,000 повторувања на Марков синџир Монте Карло (MCMC) според моделот на примеси и независни алелски фреквенции меѓу популациите. Најверојатната К вредност беше одредена со спроведување на методот АК, опишан од [60], во веб-базирана програма СТРУКТУРА ХЕРВЕСТЕР [61]. Поединечна популација беше доделена на одреден кластер кога нејзиниот коефициент на членство (q-вредност) беше повисок од 0.7, во спротивно се сметаше за мешано потекло.
Беше изведена главна координатна анализа со цел да се визуелизираат моделите на генетска врска меѓу пристапите откриени со генетската матрица на растојанието на Неи (Дополнителна табела S5). Врз основа на алелните фреквенции, конструиран е дендрограм на генетско растојание имплементирајќи го методот на групата непондерирани парови со кластерска анализа на аритметички просеци (UPGMA) во софтверот POPTREEW [62]. Беше применет bootstrapping за да се процени довербата во хиерархиското кластерирање, поставувајќи 100 преземање примероци од множеството податоци. Конечно, софтверот MEGA X [63] се користеше како софтвер за цртање дрвја.
Дополнителни материјали: Следниве се достапни онлајн на http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Табела S1: Морфолошка карактеризација на ARO, MCO и TRO светилките. Табела S2: Индекси на хетерозиготност и фиксација пресметани за ARO локните и TRO и MCO копнените сорти. Табела S3: Парични вредности на параметарот Fpt. Табела S4: Список на SSR користени во студијата. Табела S5. Парната популациска матрица на генетското растојание Неи. Слика S1: Линиски дијаграм на К вредности кои се менуваат со делта К на Евано.
Авторски придонеси: CL и LR ја замислиле студијата и го дизајнирале експериментот; CL и PI извршија анализа на молекуларни маркери; Теренските проби ги извршија АРМ и ВЗ; РМ, СП, ГР и КЛ беа вклучени во анализата на податоците; RM и CL го напишале ракописот. Сите автори ја прочитале и се согласиле со објавената верзија на ракописот.
Финансирање: Ова дело беше финансирано од Регионалниот апулиски проект „Биодиверзитет на видовите на зеленчук во Апулија“ - Програма ди Свилупо рурале по ла Пуља 2014-2020 година. Мисура 10 — Сотомисура 10.2; грант CUP H92C15000270002, Италија.
Благодарност: Благодарност до „Azienda Agricola Iannone Anna“ и „Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva“ за обезбедување на растителни материјали користени во експериментот.
Конфликти на интерес: Авторите не објавуваат конфликт на интереси.
Референци
- 1. Стерн, ВТ Колку видови на Алиум се познати? Кју Маг. 1992, 9, 180-182. [CrossRef]
- 2. ФАОСТАТ. Статистичка база на податоци на ФАО. Достапно онлајн: http://www.fao.org/2017 (пристапено на 8 јануари 2019 година).
- 3. Блок, Е. Хемијата на лукот и кромидот. Sci. Am. 1985, 252, 114-119. [CrossRef]
- 4. Ли, Б.; Јунг, Џ.Х.; Ким, ХС Проценка на црвениот кромид на антиоксидантната активност кај стаорци. Храна хем. Токсикол. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Ли, С.М. Мун, Ј. Чунг, ЈХ; Ча, ИЈ; Шин, МЈ Ефект на екстракти од кора од кромид богати со кверцетин врз артериска тромбоза кај стаорци. Храна хем. Токсикол. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Јошинари, О.; Шиоџима, Ј.; Игараши, К. Ефекти против дебелината на екстрактот од кромид кај масни стаорци со дијабетес од Цукер. Хранливи материи 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Акаш, МСХ; Реман, К.; Chen, S. Spice plant Allium cepa: Додаток во исхраната за третман на дијабетес мелитус тип 2. Исхрана 2014, 30, 1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Ванг, Ј.; Тиан, WX; Ма, XF Инхибиторни ефекти на кромидот (Алиум цепа L.) екстракт за пролиферација на канцерогени клетки и адипоцити преку инхибиција на синтаза на масни киселини. Азиски Пак. J. Рак Прет. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Лаи, СВ; Хсу, Кометал; Чуех, ФС; Чен, YY; Јанг, Ј.С. Лин, ЈП; Заложно право, JC; Цаи, CH; Chung, JG Quercetin ја инхибира миграцијата и инвазијата на SAS човечки орални канцерогени клетки преку инхибиција на сигналните патишта на NF-kappaB и матрикс металопротеиназа-2/-9. Anticancer Res. 2013, 33, 1941-1950. [PubMed]
- 10. Никастро, ХЛ; Рос, СА; Милнер, ЈА Лук и кромид: Нивните својства за спречување на рак. Рак Прет. Рез. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Форте, Л.; Торичели, П. Боанини, Е.; Газано, М. Рубини, К.; Фини, М. Биги, А. Антиоксидантни и својства за поправка на коските на хидроксиапатит функционализиран со кверцетин: Ин витро студија за кокултура на остеобласти-остеокласти-ендотелијални клетки. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Јамазаки, Ј.; Ивасаки, К.; Миками, М. Јагихаши, А. Наука за храна. Технол. Рез. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Блок, Е. Органосулфурна хемија од родот Allium-Импликации за органската хемија на сулфурот. Ангју. Chem. Инт. Ед. Engl. 1992, 31, 1135-1178. [CrossRef]
- 14. Грифитс, Г.; Труман, Л. Кроутер, Т. Томас, Б.; Smith, B. Кромид - Глобална придобивка за здравјето. Фитотер. Рез. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Швимер, С. Вестон, WJ Ензимски развој на пирувична киселина во кромид како мерка за лутост. J. Agric. Храна хем. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Кетер, МАЧКА; Randle, WM Проценка на лутоста кај кромидот. Во Проверени студии за лабораториска настава; Карчер, СЈ, Ед.; Здружение за биолошко лабораториско образование (ABLE): Њујорк, Њујорк, САД, 1998 година; Том 19, стр. 177-196.
- 17. Ханелт, П Таксономија, еволуција и историја. Во Кромид и сојузнички култури, кн. I. Ботаника, физиологија и генетика; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Бока Ратон, Флорида, САД, 1990 година; стр. 1-26.
- 18. Рабинович, ХД; Кура, Л. Allium Crop Science: Recent Advances; CABI Publishing: Wallingford, Обединетото Кралство, 2002 година.
- 19. Малор, Ц.; Караведо, М. Естопанан, Г.; Mallor, F. Карактеризација на генетските ресурси на кромидот (Алиум цепа Л.) од шпански секундарен центар на различности. Распон. J. Agric. Рез. 2011, 9, 144-155. [CrossRef]
- 20. Фериоли, Ф.; D'Antuono, LF. Генет. Ресурс. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Петропулос, СА; Фернандес, А.; Барос, Л. Фереира, ICFR; Нтаци, Г. Морфолошки, нутриционистички и хемиски опис на „ватикиотико“, локална земја на кромид од Грција. Хеми за храна. 2015,182, 156-163. [CrossRef]
- 22. Лигуори, Л.; Адилета, Г. Назаро, Ф. Фратиани, Ф. Ди Матео, М. Albanese, D. Биохемиски, антиоксидантни својства и антимикробна активност на различни сорти кромид во медитеранската област. J. Храна Меас. Карактер. 2019,13, 1232-1241. [CrossRef]
- 23. Јоо, КС; Штука, Л. Крозби, К.; Џонс, Р.; Лесковар, Д. Разлики во лутоста на кромидот поради сортите, средината за раст и големини на сијалиците. Sci. Хортик. 2006,110, 144-149. [CrossRef]
- 24. Пчела, Н.; Пернер, Х.; Шварц, Д.; Џорџ, Е.; Крох, ЛВ; Рон, С. Хеми за храна. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Карузо, Г.; Конти, С.; Вилари, Г.; Борели, Ц.; Мелхиона, Г. Минутоло, М. Русо, Г.; Amalfitano, C. Ефекти од времето на пресадување и густината на растението врз приносот, квалитетот и содржината на антиоксиданси на кромидот (Алиум цепа L.) во јужна Италија. Sci. Хортик. 2014,166, 111-120. [CrossRef]
- 26. Перез-Грегорио, М.Р. Регуеиро, Ј. Симал-Гандара, Ј. Родригес, АС; Алмеида, DPF Зголемување на додадената вредност на кромидот како извор на антиоксидантни флавоноиди: Критички преглед. Крит. Rev. Food Sci. Нутр. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Понл, Т.; Швајгерт, РМ; Carle, R. Влијание на методот на одгледување и селекција на сорти врз растворливите јаглехидрати и остри принципи во кромидот (Алиум цепа Л.). J. Agric. Храна хем. 2018, 66, 12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Тедеско, И. Карбон, В.; Спагнуоло, Ц.; Минаси, П.; Russo, GL Идентификација и квантификација на флавоноиди од две јужни италијански сорти на Алиум цепа L., Tropea (црвен кромид) и Montoro (бакар кромид) и нивниот капацитет да ги заштитат човечките еритроцити од оксидативен стрес. J. Agric. Храна хем. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Вилано, Ц.; Еспозито, С. Каручи, Ф.; Фрусијанте, Л. Карпуто, Д.; Аверсано, Р. Генотипизацијата со висок пропуст во кромидот ја открива структурата на генетската разновидност и информативните SNP корисни за молекуларно размножување. Мол. Раса. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Меркати, Ф.; Лонго, Ц.; Пома, Д.; Аранити, Ф.; Лупини, А.; Мамано, М.М. Фиоре, MC; Абенаволи, М.Р. Sunseri, F Генетска варијација на италијански домат со долг рок на траење (Solanum lycopersicum Л.) собирање со користење на РБС и морфолошки особини на овошје. Генет. Ресурс. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Гонзалес-Перез, С.; Малор, Ц.; Гарцес-Клавер, А.; Мерино, Ф.; Табоада, А.; Ривера, А.; Помар, Ф.; Перовиќ, Д.; Силвар, Ц. Истражување на генетската разновидност и квалитетни особини во збирка кромид (Алиум цепа L.) земјиште од северозападна Шпанија. Генетика 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Лоти, Ц.; Јовиено, П.; Чентомани, И. Маркотриџано, АР; Фанели, В.; Мимиола, Г. Сумо, Ц.; Паван, С.; Ricciardi, L. Генетска, био-агрономска и нутритивна карактеристика на кељот (Brassica oleracea L. var. ацефала) разновидност во Апулија, Јужна Италија. Разновидност 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Бардаро, Н.; Маркотриџано, АР; Бракуто, В.; Мацео, Р. Рикиарди, Ф.; Лоти, Ц.; Паван, С.; Ricciardi, L. Генетска анализа на отпорност кон Оробанче крената (Forsk.) во грашок (Pisum sativum L.) ниско-стриголактонска линија. J. Растителен патол. 2016, 98, 671-675.
- 34. Вако, Т.; Цуказаки, Х.; Јагучи, С. Јамашита, К. Ито, С.; Шигјо, М. Мапирање на квантитативни локуси на особини за време на завртување во китнење кромид (Алиум фистулозум Л.). Еуфитика 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Дака, Н.; Мухопадјај, А.; Паритош, К.; Гупта, В.; Пентал, Д.; Прадан, АК Идентификација на генични SSR и изградба на карта за поврзување базирана на SSR во Brassica juncea. Еуфитика 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Анандан, С.; Моте, СР; Гопал, Ј. Евалуација на сортниот идентитет на кромид користејќи SSR маркери. Seed Sci. Технол. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Митрова, К.; Свобода, П.; Ovesna, J. Избор и валидација на маркерски сет за диференцијација на сорти на кромид од Чешка. Чех J. Genet. Растени раса. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Ди Риенцо, В.; Миаци, М.М. Фанели, В.; Сабета, В.; Montemurro, C. Зачувување и карактеризирање на биодиверзитетот на гермплазмата на маслинката во Апулија. Акта Хортик. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Малор, Ц.; Арнедо-Андрес, А.; Garces-Claver, A. Проценка на генетската разновидност на шпанскиот јазик Алиум цепа населени места за одгледување кромид со помош на микросателитски маркери. Sci. Хортик. 2014,170, 24-31. [CrossRef]
- 40. Ривера, А.; Малор, Ц.; Гарцес-Клавер, А.; Гарсија-Улоа, А.; Помар, Ф.; Силвар, Ц. Проценка на генетската разновидност во кромидот (Алиум цепа L.) земјиште од северозападна Шпанија и споредба со европската варијабилност. NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103-120. [CrossRef]
- 41. Де Џовани, Ц.; Паван, С.; Таранто, Ф.; Ди Риенцо, В.; Миаци, М.М. Маркотриџано, АР; Мангини, Г.; Монтемуро, Ц.; Рикиарди, Л. Лоти, Ц. Генетска варијација на глобална колекција на гермплазма на наут (Cicer arietinum L.) вклучувајќи ги и италијанските акциони со ризик од генетска ерозија. Физиол. Мол. Биол. Растенија 2017, 23, 197-205. [CrossRef]
- 42. Мазео, Р.; Моргезе, А.; Сонанте, Г. Зулуага, ДЛ; Паван, С.; Рикиарди, Л. Лоти, Ц. Генетска разновидност кај брокулата рабе (Брасика рапа L. subsp. силвестрис (Л.) Јанч.) од Јужна Италија. Sci. Хортик. 2019, 253, 140-146. [CrossRef]
- 43. Јаксе, М.; Мартин, В.; МекКалум, Ј. Хеви, М. Полиморфизми на единечни нуклеотиди, индели и едноставни секвенци кои се повторуваат за идентификација на сортата кромид. J. Am. Соц. Хортик. Sci. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. МекКалум, Ј. Томсон, С.; Питер-Џојс, М. Kenel, F. Анализа на генетска разновидност и развој на маркери на еднонуклеотиден полиморфизам во култивиран луковичен кромид врз основа на маркери за повторување на изразена секвенца ознака-едноставна секвенца. J. Am. Соц. Хортик. Sci. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Болдвин, С. Питер-Џојс, М. Рајт, К.; Чен, Л.; МекКалум, Ј. Развој на робусни геномски едноставни маркери за повторување за проценка на генетската разновидност во и меѓу лук кромид (Алиум цепа L.) популации. Мол. Раса. 2012, 30, 1401-1411. [CrossRef]
- 46. ДеВуди, Ј.А.; Honeycutt, RL; Skow, LC Микросателитски маркери во бел опашест елен. J. Херед. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Ходадади, М.; Хасанпанах, Д. Ирански кромид (Алиум цепа L.) одговори на сорти на вродена депресија. Светска апликација. Sci. Ј. 2010,11, 426-428.
- 48. Абду, Р.; Бакасо, Ј.; Сааду, М. Баудоин, ЈП; Харди, OJ Генетска разновидност на нигерскиот кромид (Алиум цепа L.) оценети со едноставни маркери за повторување на низата (SSR). Акта Хортик. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Паван, С.; Лоти, Ц.; Маркотриџано, АР; Мацео, Р. Бардаро, Н. Бракуто, В.; Рикиарди, Ф.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н. Скиавули, А.; et al. Посебен генетски кластер во култивирана наут како што е откриено со откривање и генотипирање на маркери ширум геномот. Растителен геном 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Паван, С.; Маркотриџано, АР; Циани, Е.; Мацео, Р. Зоно, В.; Руџиери, В. Лоти, Ц.; Ricciardi, L. Генотипирање-по-секвенционирање на диња (Cucumis melo L.) колекцијата на гермплазма од секундарниот центар на различност ги истакнува моделите на генетски варијации и геномските карактеристики на различните генски базени. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Ди Риенцо, В.; Сион, С.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н. Монтемуро, Ц.; Фанели, В.; Сабета, В.; Бушефа, С. Таменџари, А.; Паскалон, А.; et al. Генетски тек меѓу популацијата на маслинки во медитеранскиот басен. Пер Ј. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Овчар, ЛД; McLay, TG Два протоколи во микро размери за изолација на ДНК од растително ткиво богато со полисахариди. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Дојл, Џеј Џеј; Doyle, JL Изолација на растителна ДНК од свежо ткиво. Фокус 1990,12, 13-14.
- 54. Кул, JC; Чеунг, Ф.; Кјаопинг, Ј.; Мартин, В.; Зевди, Ј.; МекКалум, Ј. Катанах, А.; Радерфорд, П.; Мијалник, KC; Јендерек, М. et al. Уникатниот сет од 11,008 ознаки со низа изразени на кромид открива изразена низа и геномски разлики помеѓу единечните редови аспарагали и поали. Растителна ќелија 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Ким, ХЈ; Ли, човечки ресурси; Хјун, Џи; Песна, КХ; Ким, КХ; Ким, Џеј; Хур, ЦГ; Harn, развој на CH маркер за тестирање на генетска чистота на кромид со помош на SSR Finder. Корејски Ј. Раса. Sci. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Економски метод за флуоресцентно означување на фрагменти од PCR. Нат Биотехнол. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Пикол, Р.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Генетска анализа во Excel. Популациски генетски софтвер за настава и истражување: ажурирање. биоинформатиката 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Калиновски, СТ; Конус, ML; Маршал, ТЦ Ревидирањето на тоа како компјутерската програма CERVUS ја прифаќа грешката при генотипирање го зголемува успехот во доделувањето татковство. Мол. Екол. 2007,16, 1099-1106. [CrossRef]
- 59. Причард, ЈК; Стивенс, М.; Розенберг, НА; Донели, П. Мапирање на асоцијација во структурирани популации. Am. J. Hum. Генет. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Евано, Г.; Регнаут, С. Goudet, J. Откривање на бројот на кластери на поединци кои го користат софтверот СТРУКТУРА: Студија за симулација. Мол. Екол. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Ерл, Д.; VonHoldt, B. СТРУКТУРА КОМБАР: Веб-страница и програма за визуелизирање на излезот од СТРУКТУРА и имплементација на методот Евано. Конзервирајте. Генет. Ресурс. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Такезаки, Н.; Неи, М.; Tamura, K. POPTREEW: Веб-верзија на POPTREE за конструирање на популациони дрвја од податоци за фреквенција на алели и пресметување на некои други количини. Мол. Биол. Еволуција. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Кумар, С.; Стечер, Г.; Ли, М.; Књаз, Ц.; Tamura, K. MEGA X. Анализа на молекуларна еволутивна генетика низ компјутерските платформи. Мол. Биол. Еволуција. 2018, 35, 1547-1549. [CrossRef]